Kölly begann seine politische Karriere in der Gemeinde Deutschkreutz, wo er 1992 in den Gemeinderat einzog. 1997 wurde Kölly in den Gemeindevorstand gewählt. Bei den Gemeinderatswahlen 2002 wurde Kölly mit 58 % zum Bürgermeister von Deutschkreutz gewählt.
Kölly war zu dieser Zeit auch Abgeordneter im Landtag und Klubchef der FPÖ.
Im März 2007 gründete Kölly die „Freie Bürgerliste – Manfred Kölly“. Der ehemalige FPÖ-Parteiobmann Wolfgang Rauter gründete zwei Tage später die Plattform Freie Bürgerliste der sich auch Kölly anschloss. Bei den Gemeinderatswahlen im Oktober 2007 erzielte Kölly mit seiner Freien Bürgerliste 38,7 % und wurde mit zehn Mandaten stärkste Kraft im Deutschkreutzer Gemeinderat. Die Bürgermeisterdirektwahlen gewann Kölly mit 60,7 %.
Nachdem Kölly 2007 und 2012 im Amt des Bürgermeisters bestätigt wurde, trat er 2017 erneut zur Wahl an und wurde bis 2021 als Bürgermeister bestätigt. Anschließend übergab er das Amt an Andreas Kacsitis.
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